Στα ερευνητικά του ενδιαφέρονται συγκαταλέγονται ο διαχωρισμός-καθαρισμός αερίων με χρήση πορωδών υλικών (μεμβράνες, προσροφητικά υλικά) λ.χ. για παραγωγή ιατρικού οξυγόνου από τον αέρα, δέσμευση διοξειδίου του άνθρακα ή αναβάθμιση βιοαερίου, οι τεχνολογίες επεξεργασίας-ανάκτησης και αποθήκευσης υδρογόνου και φυσικού αερίου, η συσχέτιση δομικών χαρακτηριστικών και ιδιοτήτων ισορροπίας και μεταφοράς  σε πορώδη μέσα, η προσομοίωση πολλαπλής κλίμακας φυσικοχημικών διεργασιών και η ελεγχόμενη αποδέσμευση δραστικών ουσιών σε φαρμακευτικές εφαρμογές. 

Παλαιότερα εργάστηκε ως ερευνητής στο Ίδρυμα Τεχνολογίας και Έρευνας (ΙΤΕ) της Πάτρας, στο Εθνικό Κέντρο Φυσικών Επιστημών (ΕΚΕΦΕ) «Δημόκριτος» στη Θέρμη και στο Εθνικό Κέντρο Έρευνας και Τεχνολογικής Ανάπτυξης (ΕΚΕΤΑ) στη Θέρμη. 

Ως καθηγητής έχει διδάξει πληθώρα μαθημάτων όπως  Εφαρμοσμένη Θερμοδυναμική, Φαινόμενα Μεταφοράς Μάζας, Τεχνικό-Οικονομική Μελέτη, Αριθμητικές Μέθοδοι στη Χημική Μηχανική, Φυσικές Διεργασίες, Μηχανική των Ρευστών, Τεχνολογίες Υδρογόνου, και Υπολογιστική Μηχανική. Έχει επιβλέψει 11 διδακτορικές διατριβές εκ των οποίων οι 7 έχουν ήδη ολοκληρωθεί και περισσότερες από 60 διπλωματικές εργασίες. Το δημοσιευμένο ερευνητικό του έργο περιλαμβάνει 97 εργασίες σε έγκριτα διεθνή περιοδικά, 14 εργασίες σε συλλογικούς τόμους συνεδρίων υπό κρίση, 9 κεφάλαια σε βιβλία και 98 εργασίες σε πρακτικά διεθνών ή εθνικών συνεδρίων. 

Το ερευνητικό του έργο έχει αναγνωριστεί διεθνώς με περισσότερες από 3850 ετεροαναφορές στο Google Scholar και περισσότερες από  2700 ετεροαναφορές στο Scopus. Τέλος, ο κ. Κικκινίδης συμμετείχε σε 25 ερευνητικά έργα, χρηματοδοτούμενα από εθνικούς και ευρωπαϊκούς φορείς, καθώς και από τη βιομηχανία.