Από το 2003 και μέχρι το 2009 εργάστηκε ως επιστημονικός συνεργάτης στο (πρώην) Τ.Ε.Ι. και ως διδάσκων Π.Δ.407/82 και στο Πανεπιστήμιο της Δυτικής Μακεδονίας, αμφότερα στη βαθμίδα του Επίκουρου Καθηγητή. Παράλληλα συνέχισε την ερευνητική του δραστηριότητα σε συνεργασία με το King’s College London όπου, σε αναγνώριση της επιστημονικής του συνεισφοράς, ανακηρύχθηκε Επισκέπτης Ερευνητής στον τομέα Μηχανικής για διάστημα τριών ετών (2005-2008). Το Μάιο του 2008 εκλέχτηκε στη βαθμίδα του Επίκουρου Καθηγητή στο Τμήμα Μηχανολόγων Μηχανικών του Πανεπιστημίου Δυτικής Μακεδονίας, θέση στην οποία διορίστηκε το Σεπτέμβριο του 2009. Το 2014 εξελίχθηκε στη βαθμίδα του Αναπληρωτή Καθηγητή και το 2021 σε αυτήν του Καθηγητή.

Ο Δρ Ευστάθιος Κωνσταντινίδης έχει ασχοληθεί με τη βασική έρευνα αλλά και την ανάπτυξη βιομηχανικών διεργασιών με έμφαση σε θεμελιώδη προβλήματα που περιλαμβάνουν ασταθείς και τυρβώδεις ροές με αποκόλληση και την αλληλεπίδραση τους με στερεά σώματα μη-αεροδυναμικής μορφολογίας. Διαθέτει σημαντική τεχνογνωσία σε οπτικές τεχνικές μετρήσεων όπως Laser-Doppler Anemometry και Particle-Image Velocimetry. Παράλληλα, χρησιμοποιεί υπολογιστικές μεθόδους προσομοίωσης των πεδίων ροής όπως LES, RANS, και υβριδικές. 

Η πρόσφατη έρευνα του αποσκοπεί στην ανάπτυξη αναλυτικών μοντέλων των μη-μόνιμων υδροδυναμικών δυνάμεων επί ταλαντούμενων κυλινδρικών στοιχείων για την προσομοίωση των αλληλεπιδράσεων ρευστών και στερεών. Διαθέτει δίπλωμα ευρεσιτεχνίας από τον Οργανισμό Βιομηχανικής Ιδιοκτησίας (ΟΒΙ) με τίτλο  «Εναλλάκτης θερμότητας με ανισομεγέθεις σωλήνες για μείωση επικαθίσεων».

Οι περιοχές ερευνητικού του ενδιαφέροντος περιλαμβάνουν τον ελεγχο ασταθών ροών με αποκόλληση, την αλληλεπίδραση μη-μόνιμων ροών και κατασκευών, τη διέγερση ρευστο-ελαστικών  ταλαντώσεων, τη δέσμευση κινητικής ενέργειας ανέμων και θαλάσσιων ρευμάτων μέσω μηχανικών ταλαντώσεων, ροϊκά πεδία, μεταφορά θερμότητας και επικαθήσεις σε διατάξεις εναλλακτών θερμότητας, βιο-ιατρικές ροές, τον υπολογισμό αιμοδυναμικών δεικτών σε αρτηρίες με στένωση, ροές γύρω από ανεμοφράκτες, συνεκτικές δομές σε τυρβώδεις ροές με σχετικές μεθόδους ταυτοποίησης και την επεξεργασία και ανάλυση ψηφιακών δεδομένων από πεδία ροής. Έχει συμμετάσχει σε ερευνητικά προγράμματα που χρηματοδοτήθηκαν από  την Ευρωπαϊκή Ένωση, το Συμβούλιο Έρευνας και Τεχνολογίας του Ηνωμένου Βασιλείου και εθνικούς πόρους. Η ερευνητική δραστηριότητα του αποτυπώνεται σε πλήθος δημοσιεύσεων σε διεθνή περιοδικά περιλαμβανομένων των κορυφαίων περιοδικών στο αντικείμενο της μηχανικής των ρευστών, καθώς επίσης και σε πρακτικά διεθνών επιστημονικών συνεδρίων, οι οποίες έχουν τύχει αναγνώρισης από την επιστημονική κοινότητα με περισσότερες από 500 έτερο-αναφορές. Είναι μέλος της επιστημονικής επιτροπής διεθνών συνεδρίων  και έχει συνδιοργανώσει το εθνικό συνέδριο ΡΟΗ 2018. Ενεργεί τακτικά ως κριτής για λογαριασμό επιστημονικών περιοδικών καθώς επίσης και ως αξιολογητής ερευνητικών προτάσεων για λογαριασμό Εθνικών Συμβουλίων Έρευνας και Τεχνολογίας σε Ελλάδα, Γαλλία και Ρουμανία.